MDJ Review of the Year: "Deep Genotyping" - អ្វីដែលលំដាប់ជំនាន់ទីបីអាចបង្រៀនយើង

ចំណងជើងនៃអត្ថបទគឺ ការស្វែងយល់ពីជំងឺសរសៃប្រសាទដោយប្រើការអានលំដាប់លំដោយ និងបច្ចេកវិទ្យាផែនទីហ្សែនអុបទិក។ សូមអបអរសាទរអ្នកទាំងពីរសម្រាប់ការតែងតាំងដ៏សំខាន់នេះ។ វេជ្ជបណ្ឌិត ខូហ្គែន សូមប្រាប់យើងបន្តិចអំពីប្រវត្តិរបស់អ្នក និងអ្វីដែលជំរុញអ្នកឱ្យសរសេរក្រដាសនេះ។

វេជ្ជបណ្ឌិត Guillaume Cogan៖ សួស្តី អរគុណសម្រាប់ការមានពួកយើង។ ខ្ញុំជាអ្នកឯកទេសពន្ធុវិទ្យា ហើយឥឡូវនេះ [00:01:00] ខ្ញុំកំពុងសិក្សាថ្នាក់បណ្ឌិតនៅវិទ្យាស្ថានខួរក្បាលប៉ារីស។ ហើយយើងមានគម្រោងរួមគ្នាពីវិទ្យាស្ថាន Paris Brain ជាមួយវិទ្យាស្ថានជាតិសុខភាព ជាមួយសហការីរបស់យើងដែលជាសហអ្នកនិពន្ធអត្ថបទផងដែរគឺ Kensuke Daida, Cornelis Blauwendraat និង Kimberly Billingsley ។

ដូច្នេះជាមូលដ្ឋាន យើងមានក្រុមនៃករណី PD ដែលមិនត្រូវបានដោះស្រាយ ដែលមានលំដាប់លំដោយឈាម។ ហើយ​យើង​មាន​ករណី​គ្រួសារ និង​ករណី​ចាប់​ផ្ដើម​ដំបូង​ផង​ដែរ ហើយ​យើង​ចង់​ព្យាយាម​កំណត់​អត្តសញ្ញាណ​អ្វី​មួយ​ដូចជា​ការ​ប្រែប្រួល​ដែល​បង្ក​ឱ្យ​កើត​ជំងឺ។ ហើយ​ដើម្បី​ធ្វើ​ដូច្នេះ យើង​បាន​ប្រើ​ការ​អាន​លំដាប់​លំដោយ​យូរ។ ខ្ញុំ​នឹង​ចុះ​ទៅ​លម្អិត​អំពី​រឿង​នោះ​នៅ​ពេល​អនាគត។ ហើយ​យើង​មាន​ករណី​គួរ​ឱ្យ​ចាប់​អារម្មណ៍​មួយ យើង​ចង់​រាយការណ៍​នេះ​ទៅ​កាន់​បញ្ហា​ចលនា ដូច្នេះ​យើង​បាន​ធ្វើ។ កម្មវិធីនិពន្ធបានស្នើឱ្យយើងធ្វើការពិនិត្យឡើងវិញអំពីការអានលំដាប់លំដោយ ប៉ុន្តែក៏មានការធ្វើផែនទីហ្សែនអុបទិក ដើម្បីទទួលបានការពិនិត្យឡើងវិញនូវបច្ចេកវិទ្យាថ្មី បច្ចេកវិទ្យាហ្សែនថ្មី ដែលយើងអាចប្រើបានក្នុងជំងឺសរសៃប្រសាទ។

វេជ្ជបណ្ឌិត Sarah Camargos៖ ល្អណាស់។ ខ្ញុំគិតថាពន្ធុវិទ្យា ពេលខ្លះវាអាចមានអារម្មណ៍ថាជាប្រធានបទដ៏លំបាកសម្រាប់ [00:02:00] អ្នកជំនាញខាងសរសៃប្រសាទ។ ដូច្នេះ ចូរយើងបោះជំហានថយក្រោយ ហើយចាប់ផ្តើមជាមួយមូលដ្ឋាន។ យើងនឹងនិយាយអំពីប្រភេទនៃវ៉ារ្យ៉ង់ដែលបណ្តាលឱ្យមានជំងឺសរសៃប្រសាទ វ៉ារ្យ៉ង់នុយក្លេអូទីតតែមួយ វ៉ារ្យ៉ង់រចនាសម្ព័ន្ធ និងការពង្រីកម្តងទៀត។

តើ​អ្នក​អាច​ពន្យល់​ពី​បច្ចេកទេស​ទាំងនេះ​ដែល​បាន​ប្រើ​ដើម្បី​សិក្សា​ប្រភេទ​នៃ​វ៉ារ្យ៉ង់​ទាំងនេះ​បាន​ទេ​។

សាស្រ្តាចារ្យ Alexis Brice៖ បាទ ខ្ញុំអាចចាប់ផ្តើម ហើយ Guillaume នឹងបញ្ចប់។ ខ្ញុំគិតថាអ្វីដែលសំខាន់គឺការពិតដែលថាការអានបន្តបន្ទាប់គ្នាយ៉ាងយូរមានន័យថាអ្នកអាចវិភាគបំណែកវែងនៃ DNA ជាជាងការមានអ្វីមួយដូចជា 150 ទៅ 300 គូមូលដ្ឋានដែលបានអានសម្រាប់បំណែកនីមួយៗដែលអ្នកមានអ្វីមួយដូចជាគោលដប់គីឡូ ហើយវាមានការផ្លាស់ប្តូរច្រើន។

ដោយសារតែអ្នកអាចរកឃើញជាច្រើននៃការរៀបចំឡើងវិញ [00:03:00] ដែលមិនត្រូវបានរកឃើញដោយបច្ចេកទេសធម្មតា។ ហើយនេះមានន័យថា ជាឧទាហរណ៍ នៅពេលដែលមានការបញ្ច្រាសនៅក្នុងហ្សែន អ្នកអាចមើលឃើញចំណុចប្រសព្វ។ អ្នកអាចតម្រៀបពួកវាបាន។ អ្នកអាចរកឃើញការចម្លង ឬលុបកាន់តែងាយស្រួល។

ហើយនោះក៏ជាប្រធានបទសម្រាប់ជំងឺសរសៃប្រសាទជាច្រើនផងដែរ។ ហើយការពង្រីកម្តងទៀត។ កូនតូចៗអាចចាប់បានដោយបច្ចេកទេសបុរាណ ប៉ុន្តែនៅពេលដែលវាលើសពីទំហំ 300 គូគោល ពួកគេមិនអាចទេ។ ដូច្នេះជាមួយនឹងការអានលំដាប់លំដោយ។ ជាថ្មីម្តងទៀត អ្នកអាចជ្រើសរើសប្រភេទវ៉ារ្យ៉ង់នេះ។

ដូច្នេះនោះជាទិដ្ឋភាពសំខាន់បំផុត។ ប៉ុន្តែមានផ្សេងទៀត។ ជាឧទាហរណ៍ អ្នកអាចបែងចែកបុគ្គលដែលមានបំរែបំរួលពីរនៅក្នុងហ្សែនមួយ។ អ្នក​អាច​និយាយ​ថា​តើ​ពួកគេ​ស្ថិត​ក្នុង​ស៊ីស៊ី​ឬ​នៅ​ក្នុង​ការ​ឆ្លង។ ហើយសម្រាប់ជំងឺរាតត្បាត [00:04:00] ពួកគេត្រូវតែឆ្លងកាត់ ប្រសិនបើអ្នកចង់ធ្វើឱ្យប្រាកដថាពួកគេទទួលខុសត្រូវចំពោះជំងឺនេះ។

អ្នកក៏អាចមានកម្មវិធីសម្រាប់ហ្សែន និង pseudogenes នៅពេលដែលពួកវាមានភាពដូចគ្នាខ្លាំង លំដាប់លំដោយអានវែងអនុញ្ញាតឱ្យម្តងទៀតដើម្បីរៀបចំហ្សែនដោយឯករាជ្យ។ ដូច្នេះ នោះពិតជាមូលដ្ឋាន ហើយយើងពិតជាអាចផ្តល់នូវឧទាហរណ៍មួយចំនួនប្រសិនបើអ្នកចង់បាន។

វេជ្ជបណ្ឌិត Sarah Camargos៖ ល្អណាស់។ ជាពិសេសនៅពេលខ្ញុំអានឯកសាររបស់អ្នក ខ្ញុំបានរកឃើញថាគួរឱ្យចាប់អារម្មណ៍ណាស់ដែលអ្នកប្រើឧទាហរណ៍ទាំងនេះដើម្បីបង្ហាញពីគុណសម្បត្តិនៃការអានបន្តបន្ទាប់គ្នាយូរ ដូចជាអ្នកបានរៀបរាប់អំពី pseugenes និងដំណាក់កាល។ តើ​អ្នក​អាច​ចែក​រំលែក​រឿង​របស់​បងប្អូន​បង្កើត និង​កូន​ភ្លោះ​ជាមួយ​នឹង PRKN ផង​ដែរ​ឬ​ទេ? 

វេជ្ជបណ្ឌិត Guillaume Cogan៖ បាទ។ ដូច្នេះសហសេវិករបស់យើងមកពី NIH គឺ Kensuke Daida ដំបូងមានបងប្អូនបង្កើតពីរនាក់នេះដែលមាន phenotype ដែលត្រូវគ្នានឹងជំងឺផាកឃីនសុន។ [00:05:00] ដូច្នេះ​បងប្អូន​បង្កើត​មាន​ការ​ចាប់​ផ្តើម​ដំបូង​ ការ​វិវត្តន៍​យឺត​នៃ​ជំងឺ​ និង​ការ​ប្រើ​ប្រាស់​ ខ្ញុំ​គិត​ថា​វា​ជា​ការ​តាម​លំដាប់​លំដោយ។ ដូច្នេះការអានតាមលំដាប់លំដោយ។

ពួកវាមានបំរែបំរួលនុយក្លេអូទីតតែមួយដែលបង្កជំងឺ ប៉ុន្តែមានបំរែបំរួលតែមួយ ដូច្នេះវាមិនគ្រប់គ្រាន់ដើម្បីពន្យល់ពីជំងឺនេះទេ។ ហើយបន្ទាប់មកពួកគេប្រើការអានលំដាប់លំដោយ ហើយពួកគេបានកំណត់អត្តសញ្ញាណការបញ្ច្រាសនៅក្នុង allele ទីពីរ ដែលកំពុងពន្យល់ពីជំងឺ។ ហើយការបញ្ច្រាសមានទំហំធំណាស់។ វាជាមូលដ្ឋានប្រាំពីរមេហ្គា។

ដូច្នេះ វាពន្យល់ពីមូលហេតុដែលពួកគេមិនបានទទួលវាជាមុន។ ហើយបន្ទាប់មកពីក្រុមរបស់យើង។ យើងក៏មានបងប្អូនពីរនាក់ដែលមានទម្រង់ជំងឺ autosomal recessive ដែលត្រូវគ្នាជាមួយ PRKN ម្តងទៀតជាមួយនឹង phenotype ។ ហើយដំបូងឡើយ យើងបានប្រើវិធីសាស្រ្តបន្តបន្ទាប់គ្នាធម្មតា ពង្រីកការស៊ើបអង្កេត ligation ច្រើន ការកំណត់គោលដៅជាមួយលំដាប់ exome ។

ហើយ​យើង​បាន​លុប exome បួន ប៉ុន្តែ​មាន​តែ​ការ​ផ្លាស់ប្តូរ​ម្តង​ទៀត ដូច្នេះ​វា​មិន​គ្រប់គ្រាន់​ដើម្បី​ពន្យល់​ពី​ជំងឺ​នេះ​ទេ។ យើងប្រើម្តងទៀត អានលំដាប់លំដោយយូរ ហើយយើងបានរកឃើញថាអ្វីមួយដែលគួរឱ្យចាប់អារម្មណ៍ណាស់។ ដូច្នេះនៅលើការសិក្សាដំបូង យើង [00:06:00] មានការលុប exome បី និង exome បួន ហើយនៅលើទីពីរ យើងមានការចម្លងពី exome បី។

ដូច្នេះសរុបមក យើងមានច្បាប់ចម្លងពីរនៃ exome បី ដែលជារឿងធម្មតាមែនទេ? ខ្ញុំសង្ឃឹមថាយើងទាំងអស់គ្នាមានច្បាប់ចម្លងនៃ exome បីនៅទីនេះ។

ខ្ញុំសង្ឃឹម ហើយនេះជាមូលហេតុដែលឧបករណ៍បន្តបន្ទាប់គ្នាមិនអាចមើលឃើញ។ ហើយ​សូម​និយាយ​ថា​មានតែ​ការ​អាន​លំដាប់លំដោយ​យូរ​ប៉ុណ្ណោះ​អាច​កំណត់​អត្តសញ្ញាណ​នេះ​បាន។

ហើយបន្ទាប់មក Kensuke និងសហការីបានពង្រីកការសិក្សានេះទៅ ខ្ញុំគិតថាវាជាបុគ្គលចំនួន 23 នាក់ដែលមានបំរែបំរួល PRKN មួយ និងការចាប់ផ្តើមដំបូងនៃ PD ហើយពួកគេអាចដោះស្រាយបានមួយភាគបួននៃករណីដោយប្រើការអានលំដាប់លំដោយយូរ។ ដូច្នេះ​នេះ​ជា​អ្វី​ដែល​មាន​ន័យ​ខ្ញុំ​គិត។ ហើយអ្នកឯកទេសខាងសរសៃប្រសាទអាចគិតអំពីវានៅពេលដែលពួកគេមានអ្នកជំងឺដែលមានការផ្លាស់ប្តូរមួយនៅក្នុង PRKN និង phenotype ដែលត្រូវគ្នា។

វេជ្ជបណ្ឌិត Sarah Camargos៖ ហើយអ្នកត្រូវបានណែនាំសម្រាប់ phenotyping ប៉ុណ្ណោះ។ នេះគួរឱ្យចាប់អារម្មណ៍ណាស់។ ដូច្នេះ អ្នក​បាន​ជីក​បន្តិច​ដើម្បី​មើល​ថា​តើ​មាន​បំរែបំរួល​រចនាសម្ព័ន្ធ​ដែល​អាច​ពន្យល់​ពី​ការ​បំរែបំរួល​ផ្សេង​ទៀត​ក្នុង​ការ​បំរែបំរួល trans [00:07:00] ដែរ។

តើវាត្រឹមត្រូវទេ? 

វេជ្ជបណ្ឌិត Guillaume Cogan៖ យាយ។

វេជ្ជបណ្ឌិត Sarah Camargos៖ អស្ចារ្យ។ ក្រៅ​ពី​ការ​រក​ឃើញ​ហ្សែន​ថ្មី ទិដ្ឋភាព​គួរ​ឱ្យ​ចាប់​អារម្មណ៍​មួយ​ទៀត​ក្នុង​ការ​ស្វែង​រក​គឺ​ការ​កំណត់​លក្ខណៈ​ពង្រីក​ដដែលៗ។

តើ​លក្ខណៈ​នេះ​ពាក់ព័ន្ធ​នឹង​ការ​យល់​ដឹង​អំពី phenotype ឬ​ការ​ប្រឹក្សា​អំពី​ហ្សែន​ដោយ​របៀប​ណា?

សាស្រ្តាចារ្យ Alexis Brice៖ ខ្ញុំគិតថាមានទិដ្ឋភាពយ៉ាងតិចពីរសម្រាប់ការពង្រីកម្តងទៀត។ ដំបូងវាជាទំហំ និងទំហំសមស្របគឺមានសារៈសំខាន់ខ្លាំងណាស់ ព្រោះជាធម្មតាវាមានកម្រិតខាងលើដែលអាចនិយាយបានថាជាធាតុបង្កជំងឺ។ ហើយវាប្រែប្រួលច្រើនទៅតាមជំងឺ។ ហើយសម្រាប់ពួកគេមួយចំនួន ខ្ញុំត្រូវតែនិយាយថាកម្រិតចាប់ផ្ដើមអាចមានតម្លៃនៅតែត្រូវបានជំទាស់ ប៉ុន្តែយ៉ាងហោចណាស់លើសពីតម្លៃជាក់លាក់មួយ អ្នកប្រាកដថាវាជាភ្នាក់ងារបង្កជំងឺ។

ដូច្នេះទីមួយគឺការកំណត់ទំហំ ដែលពិតជាសំខាន់ [00:08:00] សម្រាប់ការធ្វើរោគវិនិច្ឆ័យ។ ហើយទិដ្ឋភាពទីពីរគឺជាលំដាប់នៃការធ្វើម្តងទៀត។ ដោយសារតែវាប្រែថានៅ loci មួយចំនួនគឺមិនត្រឹមតែទំហំប៉ុណ្ណោះទេប៉ុន្តែថែមទាំងសមាសភាពនៃការធ្វើម្តងទៀតដែលជាការសំខាន់។ ហើយ​មាន​សមាសភាព​ជំនួស ដែល​ខ្លះ​ជា​សារធាតុ​បង្ក​ជំងឺ និង​ខ្លះ​ទៀត​ត្រូវ​បាន​អត់ឱន​ឱ្យ​បាន​ល្អ និង​មិន​ពាក់ព័ន្ធ​នឹង​ជំងឺ។

ជាមួយនឹងការអានលំដាប់លំដោយយូរ អ្នកទទួលបានទាំងពីរដោយថ្មតែមួយ។ អ្នក​មាន​ទាំង​ទំហំ​នៃ​ការ​ធ្វើ​ឡើងវិញ និង​សមាសភាព ដូច្នេះ​ហើយ​អ្នក​អាច​និយាយ​បាន​ថា​តើ​ការ​ធ្វើ​ម្តងទៀត​នេះ​បង្ក​ជំងឺ​ឬ​អត់។ ហើយនេះមានសារៈសំខាន់ខ្លាំងណាស់សម្រាប់ឧទាហរណ៍ជាច្រើននៃការធ្វើម្តងទៀតដែលត្រូវបានកំណត់ថាជា FGF 14 ឬ RFC 1 ជាឧទាហរណ៍។

វេជ្ជបណ្ឌិត Guillaume Cogan៖ បាទ ប្រហែលជាខ្ញុំអាចផ្តល់ឧទាហរណ៍អំពីវា។ FGF 14 គឺជាឧទាហរណ៍ដ៏ល្អមួយ។ ដូច្នេះវាទទួលខុសត្រូវចំពោះ [00:09:00] spinocerebellar ataxia លេខ 27 B ត្រូវបានគេកំណត់អត្តសញ្ញាណនាពេលថ្មីៗនេះ ហើយយើងដឹងថាការពង្រីក GAA ដែលទាបជាង 200 ពួកគេមិនមែនជាភ្នាក់ងារបង្កជំងឺទេ។ ទោះជាយ៉ាងណាក៏ដោយ នៅពេលដែលការនិយាយឡើងវិញគឺលើសពី 300 យើងដឹងថាវាជាមេរោគ ហើយប្រើការអានខ្លីៗតាមលំដាប់លំដោយ ព្រោះទំហំនៃបំណែកនៃការអានគឺប្រហែល 150 ។

យើងមិនអាចដឹងពីអ្វីដែលវែងជាងនេះបានទេ។ យើងគ្រាន់តែអាចនិយាយបានថាមានការពង្រីកលើសពី 150 ប៉ុន្តែយើងមិនអាចនិយាយថាតើវាលើសពី 300 ឬអត់នោះទេ។ ដូច្នេះ យើងមិនអាចនិយាយបានថា តើវាជាមេរោគឬអត់ ហើយយើងត្រូវការបច្ចេកវិទ្យាមួយទៀតដើម្បីនិយាយនោះ។ ប៉ុន្តែដោយប្រើការអានបន្តបន្ទាប់គ្នាយូរ យើងអាចប្រាប់កាន់តែច្បាស់អំពីទំហំនៃការពង្រីក ហើយយើងអាចនិយាយបានថាតើការពង្រីកនេះគឺលើសពីកម្រិតកំណត់ឬអត់។

ឧទាហរណ៍មួយទៀតនៃសារៈសំខាន់នៃគំនូរដូច្នេះវាជាហ្សែនដែលទទួលខុសត្រូវចំពោះរោគសញ្ញាល្បី cerebellar ataxia neuropathy vestibular areflexia syndrome ដូច្នេះ CANVAS ។ ហើយយើងដឹងថាការពង្រីកដ៏វែងនៃ [00:10:00] AAAG ដូច្នេះវាជានុយក្លេអូទីតចំនួនប្រាំ។ ពួកវាមិនបង្ករោគទេ។ ទោះជាយ៉ាងណាក៏ដោយ ការពង្រីកនៃគំនូរ AAGGG គឺជាធាតុបង្កជំងឺ ហើយដោយប្រើការអានលំដាប់លំដោយ យើងមានគំនូរ ដូច្នេះយើងអាចដឹងថាតើវាបង្កជំងឺឬអត់។

ហើយ​ខ្ញុំ​គិត​ថា​អ្វី​មួយ​ក៏​សំខាន់​ដែរ​គឺ​វត្តមាន ឬ​អវត្តមាន​នៃ​ការ​រំខាន។ ហើយយើងពិភាក្សារឿងនេះនៅក្នុងក្រដាស។ ដូច្នេះខ្ញុំគិតថាឧទាហរណ៍ដ៏ល្អមួយគឺ spino cerebellar ataxia ពីរ។ ដូច្នេះវាជាការពង្រីក CAG ។ ហើយប្រសិនបើនៅក្នុងការពង្រីក CAG នេះ យើងមានការរំខាន ឬការរំខានជាច្រើននៃ CAA ជំនួសឱ្យ CAG យើងដឹងថាវាទទួលខុសត្រូវមិនមែនសម្រាប់ spinocerebellar ataxia ប៉ុន្តែជំងឺផាកឃីនសុន។

គំនូរគឺវត្តមានឬអវត្តមាននៃការរួមបញ្ចូលគឺសំខាន់។ សម្រាប់ phenotype ប៉ុន្តែក៏សម្រាប់ការចាប់ផ្តើមអាយុ, ការជ្រៀតចូល, មរតកនៃជំងឺនិងភាពធ្ងន់ធ្ងរនិងប្រភេទនៃ phenotype ។ 

សាស្រ្តាចារ្យ Alexis Brice៖ ដូច្នេះ យើងពិតជាអាចរំពឹងថានឹង [00:11:00] កំណត់អត្តសញ្ញាណការកើតឡើងម្តងទៀតទាំងនេះបន្ថែមទៀតនាពេលអនាគត។ ហើយយើងដឹងថានៅក្នុងជំងឺសរសៃប្រសាទមានជាញឹកញាប់ជាពិសេស។

ដូច្នេះខ្ញុំគិតថា តាមរយៈការបន្តករណីជាច្រើនទៀត យើងប្រាកដជានឹងរកឃើញការផ្លាស់ប្តូរដែលមិនស្គាល់នាពេលអនាគត។

វេជ្ជបណ្ឌិត Sarah Camargos៖ ហើយអ្នកក៏អាចពិនិត្យមើលមេទីលផងដែរ។ អ្នកអាចយល់បានបន្តិចបន្ថែមទៀតអំពីកន្សោមហ្សែន។

វេជ្ជបណ្ឌិត Guillaume Cogan៖ ដាច់ខាតដោយប្រើវិធីសាស្រ្តសំខាន់ៗនៃការអានលំដាប់លំដោយ។ យើង​អាច​កំណត់​អត្តសញ្ញាណ​មេទីល​បាន ហើយ​វា​មាន​ការ​ជាប់​ពាក់ព័ន្ធ​ជា​ច្រើន​ក្នុង​ជំងឺ ព្រោះ​ជា​ធម្មតា​វា​មិន​មែន​ជា​ករណី​នោះ​ទេ។ ប៉ុន្តែជាធម្មតាធាតុ hypermethylated នៅក្នុង DNA មានការបញ្ចេញមតិតិចជាងបើប្រៀបធៀបទៅនឹង hypomethylation ។

ហើយនៅក្នុងបរិបទនៃជំងឺ neurodegenerative ។ ខ្ញុំគិតថានេះគួរឱ្យចាប់អារម្មណ៍។ ឧទាហរណ៍ប្រសិនបើយើងមានហ្សែន។ ទើបតែបានសិក្សាវានៅក្នុង NOTCH2NLC ដែលទទួលខុសត្រូវនៅពេល [00:12:00] អ្នកមាន GGGC ការពង្រីកនៅក្នុងតំបន់ប្រាំមុនសម្ភារៈ។ វាទទួលខុសត្រូវចំពោះជំងឺមួយហៅថា Neuronal Intranuclear Hyaline Inclusion Disease ហើយពួកគេបានរកឃើញថាវាគួរឱ្យចាប់អារម្មណ៍ខ្លាំងណាស់ ឪពុកម្តាយដែលមិនរងផលប៉ះពាល់នៃកុមារដែលរងផលប៉ះពាល់ដោយជំងឺនេះមានការពង្រីកយូរជាងបើប្រៀបធៀបទៅនឹងកូនចៅ។ ដូច្នេះវាមិនត្រូវបានគេរំពឹងទុកទេមែនទេ? ប៉ុន្តែដោយប្រើការអានជាលំដាប់បន្ត ពួកគេបានរកឃើញថាការពង្រីក GGC នេះនៅក្នុងឪពុកម្តាយគឺ hypermethylated ។ ដូច្នេះហ្សែនត្រូវបានបង្ហាញតិចជាងបើប្រៀបធៀបទៅនឹងការពង្រីកទាប។ ហើយការពង្រីកនេះគឺបង្កជំងឺព្រោះវានាំទៅដល់ RNA 4 C ដែលនាំទៅដល់ការបំបែកប្រូតេអ៊ីនភ្ជាប់ RNA ។

ដូច្នេះជាមូលដ្ឋាន ប្រសិនបើអ្នកមានកន្សោមទាបជាង អ្នកមាន RNA 4C តិច ហើយបន្ទាប់មកអ្នកមិនមានជំងឺនេះទេ។ វាគួរឱ្យចាប់អារម្មណ៍ណាស់ដែលឃើញថាមេទីលអនុញ្ញាតឱ្យយើងយល់ពីមូលហេតុដែលការផ្លាស់ប្តូរមួយចំនួនមិនបង្កជំងឺបើប្រៀបធៀបទៅនឹងអ្នកដទៃ។

វេជ្ជបណ្ឌិត Sarah Camargos៖ អស្ចារ្យ។ គួរឱ្យចាប់អារម្មណ៍ណាស់។ [00:13:00] តោះនិយាយគ្នាបន្តិច កំណត់គោលដៅក្នុងការអានជាលំដាប់។ នៅខែមេសា ឆ្នាំ 2024 យើងបានសម្ភាសសាស្ត្រាចារ្យ Houlden និងបណ្ឌិត Zhongbo Chen ដោយប្រើលំដាប់លំដោយដែលបានកំណត់គោលដៅដើម្បីពិពណ៌នាអំពី SCA4 ។ តើ​អ្នក​អាច​រំលឹក​យើង​ពី​របៀប​ដែល​វិធីសាស្ត្រ​នេះ​ដំណើរ​ការ ហើយ​ប្រសិន​បើ​មាន​វិធីសាស្ត្រ​ផ្សេង​ទៀត​សម្រាប់​ការ​កំណត់​គោល​ដៅ​ជំនួស​ឱ្យ​ការ​គ្រប់​យ៉ាង​តាម​លំដាប់។

វេជ្ជបណ្ឌិត Guillaume Cogan៖ បាទ។ ដូច្នេះ វា​ជា​សំណួរ​ដ៏​ល្អ​មួយ ព្រោះ​អ្នក​អាច​ប្រើ​ការ​អាន​លំដាប់លំដោយ​ក្នុង​ទិដ្ឋភាព​ជាច្រើន។ ដូច្នេះអ្នកអាចធ្វើលំដាប់ហ្សែនទាំងមូល ប៉ុន្តែអ្នកក៏អាចធ្វើលំដាប់តាមគោលដៅផងដែរ។ ហើយ​ខ្ញុំ​នឹង​និយាយ​ថា មាន​ក្នុង​ក្រដាស យើង​និយាយ​អំពី​វិធី​បី​យ៉ាង​ដើម្បី​ធ្វើ​រឿង​នេះ។ ដូច្នេះដំបូងអ្នកអាចប្រើវិធី Cas9 ដែលមានមូលដ្ឋាន។

ដូច្នេះអ្នកគ្រាន់តែចាប់តំបន់ចំណាប់អារម្មណ៍ដោយប្រើ CRISPR Cas9 ហើយបន្ទាប់មកអ្នកគ្រាន់តែតម្រៀបតំបន់ចំណាប់អារម្មណ៍នេះ។ ដូច្នេះនេះគឺជាលើកទីមួយ។ មួយទៀតក៏សាមញ្ញដែរ។ វាជា PCR ជួរវែង។ ដូច្នេះអ្នកពង្រីកតំបន់ចំណាប់អារម្មណ៍របស់អ្នកដោយប្រើ PCR ជួរវែង [00:14:00] ជាមួយគ្នា។ ប៉ុន្តែជាការពិតណាស់ ប្រសិនបើអ្នកប្រើវា អ្នកអាចមានភាពលំអៀងនៃ amplification ដោយសារតែអ្នកប្រើប្រតិកម្មខ្សែសង្វាក់ polymerase មែនទេ?

 ដូច្នេះនេះគឺជាលើកទី 2 ហើយចុងក្រោយគឺផ្តល់ដោយ Oxford Nanopore Technologies ប៉ុណ្ណោះ។ ដូច្នេះ​ចុងក្រោយ​គឺ​គំរូ​សម្រប​ខ្លួន ហើយ​វា​គួរ​ឱ្យ​ចាប់​អារម្មណ៍​ណាស់។

ដូច្នេះជាមូលដ្ឋាន អ្នកមានខ្សែ DNA របស់អ្នក ដែលឆ្លងកាត់រន្ធញើស។ ហើយរន្ធញើសនឹងវិភាគគូមូលដ្ឋាន 100s ដំបូង។ ដូច្នេះឧទាហរណ៍ 400 គូគោល ហើយវានឹងមើលថាតើគូគោលទាំងនេះស្ថិតនៅក្នុងតំបន់ដែលចាប់អារម្មណ៍ដែលអ្នកបានប្រាប់ម៉ាស៊ីនបន្តបន្ទាប់គ្នាតាមលំដាប់។ ដូច្នេះ បើ​វា​ឃើញ​ថា​បំណែក​នេះ​មិន​មែន​ជា​បំណែក​នៃ​ការ​ចាប់​អារម្មណ៍​នោះ វា​នឹង​ច្រាន​ចោល​បំណែក​នោះ។

ដូច្នេះ វា​នឹង​បន្ត​ដំណើរ​ការ​តាម​រយៈ​បំណែក​នៃ​ការ​ចាប់​អារម្មណ៍។ ដូច្នេះ​វិធី​ទាំង​បី​នេះ​។ ផ្អែកលើ Cas9, PCR ជួរវែង និងគំរូអាដាប់ធ័រ ONT ។

វេជ្ជបណ្ឌិត Sarah Camargos៖ ល្អណាស់។ សាស្រ្តាចារ្យ Brice ខ្ញុំយល់បានថាការអានលំដាប់លំដោយវែងគឺស្ទើរតែដូចជាកំណែហ្សែន [00:15:00] នៃ phenotyping ជ្រៅ ប្រភេទនៃការ genotyping ជ្រៅ។ តើអ្នកយល់ព្រមទេ?

សាស្រ្តាចារ្យ Alexis Brice៖ ខ្ញុំយល់ស្របទាំងស្រុងជាមួយនឹង phenotyping ដ៏ស៊ីជម្រៅ អ្នករកឃើញរបស់ដែលអ្នកមិនបានឃើញ ពីព្រោះអ្នកមិនបានស្វែងរកវាឱ្យបានត្រឹមត្រូវ។ ហើយខ្ញុំគិតថាវាពិតជាមានសារៈសំខាន់សម្រាប់អ្នកជំនាញខាងសរសៃប្រសាទដើម្បីអាចអនុវត្ត phenotyping ជ្រៅនេះ ដែលអាចជួយក្នុងការធ្វើរោគវិនិច្ឆ័យ។ ហើយនៅទីនេះវាពិតជាដូចគ្នា ពីព្រោះឧបករណ៍ដែលយើងបានប្រើរហូតដល់ការអានលំដាប់លំដោយយូរមិនអាចរកឃើញវ៉ារ្យ៉ង់ទាំងនេះមួយចំនួន។

ហើយឥឡូវនេះយើងមានឧបករណ៍នេះ យើងអាចជ្រើសរើសវ៉ារ្យ៉ង់ទាំងនេះ ហើយយើងអាចកែលម្អការវិនិច្ឆ័យបាន។ ដូច្នេះវាពិតជាស្រដៀងគ្នាខ្លាំងណាស់ លើកលែងតែតម្លៃនៃការវាយអក្សរជ្រៅប្រហែលជាតិចជាងការអានលំដាប់លំដោយយូរនៅពេលនេះ យ៉ាងហោចណាស់។

វេជ្ជបណ្ឌិត Sarah Camargos៖ បាទ។ និយាយអំពីបញ្ហាប្រឈមនៅពេលដែលវាមកដល់ការអានជាលំដាប់ថាតើអ្វីជា [00:16:00] បញ្ហាប្រឈមធំសម្រាប់យើង? ក្រៅពីថ្លៃដើម។

វេជ្ជបណ្ឌិត Guillaume Cogan៖ លើសពីការចំណាយ បញ្ហាប្រឈមគឺទីមួយ មន្ទីរពិសោធន៍សើម។ ដូច្នេះ​ពិធីការ​មន្ទីរពិសោធន៍​សើម​មិន​ទាន់​មាន​ស្តង់ដារ​នៅឡើយ​ទេ​។ ផងដែរ បំពង់បង្ហូរជីវព័ត៌មានដើម្បីហៅភាពប្រែប្រួលមិនមានលក្ខណៈស្តង់ដារទេ។ ហើយ​អ្នក​ក៏​ត្រូវ​ការ​សមត្ថភាព​ផ្ទុក​ទិន្នន័យ​ច្រើន​ដែរ​ព្រោះ​វា​បង្កើត​មូលដ្ឋាន​ជីហ្គា​រាប់រយ។

ដូច្នេះអ្នកត្រូវការទំហំផ្ទុកល្អ។ GPUs និង CPU ល្អផងដែរដើម្បីហៅវ៉ារ្យង់គឺពឹងផ្អែកខ្លាំងលើការគណនា ហើយនៅចុងបញ្ចប់នៃសង្វាក់នេះ ចូរនិយាយថាដើម្បីបកស្រាយវ៉ារ្យ៉ង់នោះ វាក៏ពិបាកជាងផងដែរ ពីព្រោះយើងមានវ៉ារ្យង់ច្រើនជាង។ យ៉ាងហោចណាស់យើងមានទំនុកចិត្តលើភាពខុសប្លែកគ្នារបស់យើង ព្រោះជាឧទាហរណ៍ ប្រសិនបើអ្នកធ្វើលំដាប់លំដោយខ្លីៗ អ្នកព្យាយាមវិភាគភាពខុសប្លែកគ្នាតាមរចនាសម្ព័ន្ធ អ្នកដឹងថាភាគច្រើននៃពួកគេគ្រាន់តែជាវិជ្ជមានមិនពិតប៉ុណ្ណោះ។ ប៉ុន្តែ​ការ​ប្រើ​ការ​អាន​តាម​លំដាប់​លំដោយ អ្នក​ដឹង​ថា​ភាគ​ច្រើន​នៃ​ពួក​គេ​គឺ​ជា​វិជ្ជមាន​ពិត។ ទោះយ៉ាងណាក៏ដោយ នៅពេលយើងវិភាគភាពខុសប្លែកគ្នា ប្រសិនបើអ្នកចង់កំណត់មូលហេតុនៃជំងឺរបស់អ្នកជំងឺ អ្នកចង់ដកចេញនូវភាពប្រែប្រួលដែលមានប្រេកង់ខ្ពស់ [00:17:00] ដែលជារឿងធម្មតា សិទ្ធិក្នុងយើងទាំងអស់គ្នាគ្រាន់តែជ្រើសរើសវ៉ារ្យ៉ង់ប៉ុណ្ណោះ។

រឿងនេះគឺថាសម្រាប់រយៈពេលយូរជាមួយនឹងលំដាប់ យើងមិនមានកាតាឡុកដូចជា Genome 80 សម្រាប់ការអានលំដាប់លំដោយខ្លីនោះទេ។ ដូច្នេះវាពិបាកក្នុងការត្រងភាពប្រែប្រួលនៃការអានខ្លី ទោះយ៉ាងណាក៏ដោយ មានគម្រោងសហការមួយចំនួន ឧទាហរណ៍ គម្រោង 1000 Genome ដែលកំពុងបន្តរាប់រយ ប្រសិនបើមិនមានការគ្រប់គ្រងរាប់ពាន់ ដើម្បីផ្តល់ឱ្យយើងនូវទិន្នន័យចំនួនប្រជាជន ដែលអនុញ្ញាតឱ្យយើងបង្ហាញភាពខុសប្លែកគ្នាទៅតាមប្រេកង់។

ហើយនៅទីបំផុត ការមានបទពិសោធន៍បន្តិចបន្តួចជាមួយវា ពេលខ្លះមានការខកចិត្តដោយសារតែអ្នកដូចជា ខ្ញុំចាត់ថ្នាក់ប្រភេទនៃការប្រែប្រួលទាំងអស់ដែលខ្ញុំមានដូចជា SNDs បំរែបំរួលរចនាសម្ព័ន្ធ ការអានឡើងវិញខ្លីៗ ប៉ុន្តែខ្ញុំមិនបានរកឃើញការផ្លាស់ប្តូរហ្សែនទេ។ ប៉ុន្តែខ្ញុំដឹងថាវានៅទីនេះនៅកន្លែងណាមួយ ប៉ុន្តែខ្ញុំគ្រាន់តែអាចយកឧទាហរណ៍មួយប៉ុណ្ណោះ។

ជាឧទាហរណ៍ យើងមានបំរែបំរួលនៃរចនាសម្ព័ន្ធ intronic ដែលអាចប៉ះពាល់ដល់ការភ្ជាប់ហ្សែន ប៉ុន្តែយើងមិនមានឧបករណ៍ណាមួយដើម្បីទស្សន៍ទាយថាតើវាប៉ះពាល់ដល់ការភ្ជាប់ឬអត់នោះទេ។ ដូច្នេះ យើងសង្ឃឹមថា នាពេលអនាគត bioinformaticians [00:18:00] នឹងអភិវឌ្ឍឧបករណ៍ទាំងនោះ ដូច្នេះយើងអាចកំណត់អត្តសញ្ញាណមូលហេតុនៃជំងឺរបស់មនុស្សទាំងអស់ដែលមានជំងឺហ្សែន។

វេជ្ជបណ្ឌិត Sarah Camargos៖ ឬសូម្បីតែតម្រៀប RNA ទាំងអស់ផងដែរ។

វេជ្ជបណ្ឌិត Brice ឬ Cogan៖ បាទ នេះគឺមួយទៀត។ ការប្រើប្រាស់លំដាប់វែង។ បាទ យើងអាចកំណត់អត្តសញ្ញាណ isoforms ថ្មី ដូចដែលយើងនិយាយអំពីនៅក្នុងក្រដាស។

វេជ្ជបណ្ឌិត Sarah Camargos៖ ហើយនៅក្នុងក្រដាសរបស់អ្នកផងដែរ អ្នកបានស្វែងយល់ពីលទ្ធភាពនៃការគូសផែនទីហ្សែនអុបទិក។ ពន្យល់យើងពីរបៀបដែលបច្ចេកទេសនេះដំណើរការ និងអ្វីដែលជាគុណសម្បត្តិចម្បង។

វេជ្ជបណ្ឌិត Guillaume Cogan៖ ដូច្នេះ​វា​ខុស​គ្នា​ខ្លាំង​ណាស់​បើ​ធៀប​នឹង​ការ​អាន​ជា​លំដាប់​យូរ​មក​ហើយ ព្រោះ​វា​មិន​មែន​ជា​ការ​បន្ត​បន្ទាប់​គ្នា​ទេ។ ដូច្នេះជាមូលដ្ឋាន អ្នកគ្រាន់តែដាក់ស្លាក DNA របស់អ្នកតាមលំដាប់ Canonical មួយចំនួន លំដាប់ខ្លី ហើយបន្ទាប់មកអ្នកមានមីក្រូទស្សន៍ដែលមើលពីចម្ងាយរវាងស្លាកសញ្ញា DNA របស់អ្នក។ ដូច្នេះអ្នកអាចកំណត់អត្តសញ្ញាណវ៉ារ្យ៉ង់រចនាសម្ព័ន្ធដែលមានលើសពី 500 គូមូលដ្ឋាន។

ដូច្នេះ អ្នក​មិន​អាច​មើល​ឃើញ​អ្វី​នៅ​ខាងក្រោម​នោះ​ទេ។ នោះជារឿងមួយ។ អ្នក [00:19:00] ក៏មិនអាចមើលឃើញ SNDs ដែរ វ៉ារ្យ៉ង់នុយក្លេអូទីតតែមួយដោយប្រើការគូសផែនទីហ្សែនអុបទិក។ ទោះយ៉ាងណាក៏ដោយ វាពិតជាគួរឱ្យចាប់អារម្មណ៍ណាស់ ពីព្រោះជម្រៅ ការគ្របដណ្តប់គឺប្រសើរជាងបើប្រៀបធៀបទៅនឹងការអានបន្តបន្ទាប់គ្នា។ អ្នកអាចទទួលបានជម្រៅគ្របដណ្តប់ 150 ដោយប្រើ OGM បើប្រៀបធៀបទៅនឹងធម្មតាពី 20 ទៅ 30 x ជាមួយនឹងលំដាប់លំដោយអានយូរ។

ហើយហើយ នោះជារឿងសំខាន់របស់ OGM ដែលខ្ញុំនឹងនិយាយ។ ដូច្នេះមនុស្សមួយចំនួនបានប្រៀបធៀប OGM និងការអានលំដាប់លំដោយយូរ។ ហើយសម្រាប់ការអានលំដាប់លំដោយយូរ វាពិបាកក្នុងការកំណត់អត្តសញ្ញាណវ៉ារ្យ៉ង់ វ៉ារ្យ៉ង់រចនាសម្ព័ន្ធដែលមានលើសពី 50 គីឡូបៃ។ ទោះជាយ៉ាងណាក៏ដោយ OGM គឺល្អដើម្បីកំណត់ប្រភេទនៃការផ្លាស់ប្តូរទាំងនោះ។ ដូច្នេះ​ខ្ញុំ​នឹង​និយាយ​ថា​ប្រសិន​បើ​អ្នក​មាន​លុយ​អ្នក​អាច​ប្រើ​ទាំង​ពីរ​នេះ​នឹង​ជា​ការ​ដែល​នឹង​ល្អ​បំផុត​។

ប៉ុន្តែអ្នកត្រូវការលុយដើម្បីធ្វើ 

វេជ្ជបណ្ឌិត Sarah Camargos៖ ពិតប្រាកដ​ណាស់។

សាស្រ្តាចារ្យ Alexis Brice៖ ទេ ខ្ញុំចង់មានន័យថា អ្នកក៏ត្រូវការ DNA ទម្ងន់ម៉ូលេគុលខ្ពស់ដែរ ហើយពេលខ្លះវាក៏ជាដែនកំណត់សម្រាប់បច្ចេកទេសទាំងនេះដែរ។ ហើយធនាគារជីវធនាគារបុរាណ ជួនកាលប្រើបច្ចេកទេសស្រង់ចេញ [00:20:00] ដែលមិនផ្តល់ DNA បែបនេះ។ ដូច្នេះវាជាអ្វីដែលអ្នកត្រូវយកមកពិចារណាយ៉ាងហោចណាស់សម្រាប់ក្រុមអនាគត ឬគំរូដែលអ្នកកំពុងទទួលបាន។

វេជ្ជបណ្ឌិត Guillaume Cogan៖ បាទ។ ហើយអ្វីមួយផងដែរសម្រាប់ OGM ខ្ញុំគិតថាដែនកំណត់នៃ OGM ដែលត្រូវដឹងសម្រាប់អ្នកស្តាប់គឺថាវាពិបាកណាស់ក្នុងការទទួលបានទីតាំងច្បាស់លាស់នៃចំណុចបំបែកដោយប្រើ OGM ។ អ្នកមិនអាចទទួលបានវាជាធម្មតាទេ។ វា​មាន​ចន្លោះ​ពី 6 KB ទៅ 15 KB ។ ដូច្នេះវាអាចមានសារៈសំខាន់នៅក្នុងពន្ធុវិទ្យាវេជ្ជសាស្រ្ត ពីព្រោះការប្រើ OGM អ្នកអាចនិយាយបានថាវ៉ារ្យ៉ង់រចនាសម្ព័ន្ធកំពុងគ្របដណ្តប់ exome ខណៈពេលដែលវាមិនមែនដូច្នេះវាមិនមែនជាវិជ្ជមានក្លែងក្លាយទេ ប៉ុន្តែវាគ្រាន់តែមិនត្រឹមត្រូវសម្រាប់ភាពខុសគ្នានៃរចនាសម្ព័ន្ធដូចការអានបន្តបន្ទាប់ទៀត។

ដូច្នេះម្តងទៀត វាជាការល្អក្នុងការប្រើប្រាស់ទាំងពីរប្រសិនបើអ្នកចង់ប្រើ OGM បាទ។

វេជ្ជបណ្ឌិត Sarah Camargos៖ ដូច្នេះអ្នកទាយថា បច្ចេកវិទ្យាទាំងពីរនេះនឹង ឬនឹងក្លាយជាវិធីសាស្រ្តឆ្នាំដំបូងក្នុងការធ្វើរោគវិនិច្ឆ័យជំងឺសរសៃប្រសាទតំណពូជនាពេលអនាគត? 

សាស្រ្តាចារ្យ Alexis Brice៖ បានផ្តល់ថា [00:21:00] លុយនៅទីនោះដើម្បីចំណាយសម្រាប់ពួកគេ។ បាទ/ចាស ខ្ញុំគិតថា ពួកវាអនុញ្ញាតយ៉ាងច្បាស់ក្នុងការដោះស្រាយបញ្ហាសមាមាត្រកាន់តែច្រើន ហើយដូច្នេះវាមានប្រយោជន៍ខ្លាំងណាស់។ ខ្ញុំគិតថាប្រសិនបើយើងចង់មានវិធីសាស្រ្តមួយកម្រិតទីមួយ និងចុងក្រោយដែលបច្ចេកវិទ្យាតែមួយអាចផ្តល់លទ្ធផល។

វេជ្ជបណ្ឌិត Guillaume Cogan៖ បាទ នៅមានផ្លូវដ៏វែងឆ្ងាយដើម្បីទៅយកបច្ចេកវិទ្យាទាំងនេះ ដូចដំបូងនៅទីនេះ ខ្ញុំចង់និយាយ។ បាទ។

វេជ្ជបណ្ឌិត Sarah Camargos៖ បាទ។ ល្អណាស់។ មុន​ពេល​យើង​បញ្ចប់ តើ​មាន​សារ​សំខាន់​មួយ​ដែល​អ្នក​ទាំង​ពីរ​ចង់​ឲ្យ​អ្នក​ស្តាប់​ដក​ចេញ​ពី​ក្រដាស​នេះ​ទេ?

វេជ្ជបណ្ឌិត Guillaume Cogan៖ បាទ។ ដូច្នេះខ្ញុំគិតថា អ្នកត្រូវដឹងពីគម្រោងរបស់អ្នក និងពិតជាអ្វីដែលអ្នកចង់ឃើញ មុនពេលប្រើបច្ចេកវិទ្យាទាំងនេះ។ ហើយខ្ញុំគិតថានៅក្នុងអត្ថបទរបស់យើង យើងបានព្យាយាមអស់ពីសមត្ថភាពដើម្បីផ្តល់ឧទាហរណ៍ដើម្បីឱ្យអ្នកអានអាចយល់ពីអ្វីដែលគាត់អាចទទួលបានពីបច្ចេកវិទ្យានេះ។ ហើយខ្ញុំគិតថា បាទ ការអានអត្ថបទនេះគឺជាវិធីនៃការយល់ដឹងកាន់តែប្រសើរឡើង ហើយប្រើវាក្នុង [00:22:00] វិធីសមរម្យសម្រាប់គម្រោងនីមួយៗសម្រាប់នរណាម្នាក់។ បាទ។

វេជ្ជបណ្ឌិត Sarah Camargos៖ បាទ។ ដូច្នេះ​គ្រូពេទ្យ​សូម​អរគុណ​យ៉ាង​ខ្លាំង​ចំពោះ​ការ​ចូលរួម​ជាមួយ​យើង។ និងចែករំលែកការយល់ដឹងរបស់អ្នកនៅថ្ងៃនេះ។ សូមអរគុណអ្នកស្តាប់របស់យើងទាំងអស់ដែលបាននៅជាមួយយើងនៅលើ MDS Podcast ។ សូមរង់ចាំតាមដានភាគបន្តរបស់យើង ហើយរហូតដល់ពេលនោះ សូមថែរក្សា និងលា។

វេជ្ជបណ្ឌិត Guillaume Cogan៖ អរគុណដែលមានពួកយើង។